Após os eventos da segunda temporada onde os cristais que geram poder a uma parcela da humanidade chamada de inumanos foram jogados no mar pessoas ao redor do mundo começaram a ganhar poderes.
Agora a Shield e outro grupo do governo estão procurando pelos Inumanos, mas um ser desconhecido está caçando os poucos inumanos que estão encontrando, enquanto isso um dos membros da Shield acaba sendo tragado e resgatado de um dos mundos dos Kree.
No meio dessa confusão Grant Ward reúne o que sobrou da Hidra e acaba controlando a organização, ele tem somente dois objetivos se vingar da Shield por terem matado feito ele matar por engano sua ex namorada e logico controlar o crime organizado.
As historias da Shield estão mais super heroicas ( o que deveria ser a serie mesmo), conseguiu se livrar de grande parte do que acontece no universo principal dos filmes tendo sua própria historia agora focada nos inumanos e nos vários super seres que tem surgido devido ao que aconteceu na 2 temporada da serie.